Con Mago.net è possibile gestire un numero illimitato di aziende all'interno della stessa installazione. Questo è particolarmente conveniente laddove ci siano aziende consociate o facenti parte di un gruppo, o anche semplicemente per avere un insieme di dati di prova per fare delle verifiche.
Le aziende vengono definite e gestite tramite la Console di Amministrazione ed è possibile amministrarne le copie di sicurezza (backup), così come di esportare i dati da un'azienda verso un'altra.
È inoltre possibile definire gli utenti attribuendo loro o meno il diritto di accesso alle varie aziende. In questo modo si possono stabilire meglio le singole competenze o gestire la riservatezza delle informazioni aziendali.