Non sempre la merce ricevuta rispetta le caratteristiche richieste. Mago.net consente di specificare nella bolla di carico se la merce ricevuta risulta conforme a quanto richiesto.
Se la merce non risulta essere conforme, invece del corrispondente movimento di magazzino, sarà attivata la procedura di rifiuto, di reso, o di scarto.
Una volta inserita la fattura, avendo richiamato ordini o bolle, è possibile verificare il rispetto delle condizioni commerciali da parte del fornitore. Nella fattura d'acquisto, Mago.net permette controlli automatici per verificare prezzi, quantità, sconti, spese e condizione di pagamento applicati in fattura, confrontandoli con quelli indicati nell'ordine e nella bolla di carico.
Al salvataggio di un documento dove sono state riscontrate delle eccezioni, Mago.net ci permette anche di bloccare il pagamento del documento, bloccare tutti i pagamenti, e bloccare il fornitore in modo da non poterlo più utilizzare.